Mit den polnischen Zuckerrübenarbeitern, die um 1900 in grosser Zahl nach Lolland-Falster kamen, folgte ein Bedarf für katholische Gottesdienste. Schon vor 1911 wurde von Zeit zu Zeit Gottesdienste auf Westlolland in privaten Heimen oder in den Polakkasernen gehalten. Um 1911 übernahmen vier holländische Franziskaner Konventuale die kirchliche Arbeit auf Lolland-Falster. Mit Hilfe von der Zuckerfabrik in Nakskov wurde es möglich, monatliche Gottesdienste in der Zuckerfabrik zu halten. Im Februar 1913 kaufte die Franciscus Stiftung ein Grundstück von Den Dänischen Zuckerfabriken, und Architekt Ewaldsen zeichnete eine Holzkirche, die zur schon am 4. Mai 1913 zur Einweihung fertig stand.
Am 3. März 1917 kaufte die Sankt Franciscus Stiftung eine Villa in Bredgade und richtete sie als Pfarrerwohnung ein. Am 30. Oktober 1919 wurde Nakskov eine selbständige Gemeinde für die katholischen Gemeinden in Nakskov, Ravnsborg, Højreby und Rudbjerg Gemeinden.
Der Grundstein für die Franciscus Kirche, gezeichnet von Architekt H. C. Glahn, wurde am 22. April 1921 gelegt, und die Einweihung fand am 6. November im selben Jahr statt. Dank der Zuckerfabrik in Nakskov, die die Ziegelsteine von einem alten niedergerissenen Bauernhof schenkte und dem Einsatz der Polen, die Steine zu reinigen, konnten die Kosten für das Bauen der Kirche unten gehalten werden.
Karen Juncker malte im Jahre 1924 die Bilder für die Kreuzwegstationen. Im Jahre 1927 wurde eine Statue des heiligen Frans von Assisis in der Nische über den Haupteingang der Kirche angebracht. Sie war vom Bildhauer Aksel Theilmann ausgeführt. Die Kirche bekam ihre erste Orgel im Jahre 1923. Sie war ein Geschenk von der Gemeinde in Fredericia. Im Jahre 1933 wurde ein Besprechungsraum für die Kirche gebaut.
Anlässlich des 700-Jahres für den Tod von Frans von Assisi im Jahre 1926 wurde die Sankt Franciscus Kirche mit Kalkgemälden von Birgitte West geschmückt.
In der Kirche gibt es ein Altar für Maximilian Kolbe (1894-1941). Er ist der polnische Franziskaner, der in dem Konzentrationslager Ausschwitz für einen Mithäftling in den Tod ging, der Frau und Kinder hatte. Er wurde als Heiliger im Jahre 1982 gekürt, und sein Heiligentag ist der 14. August. Sein Altar muss auch daran erinnern, dass es die Polen waren, die die Gemeinde gründeten. Im Jahre 1981 wurde ein neues Gemeindehaus neben der Kirche eingeweiht. Es ist von Architekt Mogens Bech, Nakskov gezeichnet und hat den Namen Maksimillian Kolbe-Haus bekommen.
Der Kirche drohte 2016 die Schließung, doch die Diözese hat mit der Katholischen Schule in Nakskov (Stenoskolen) einen Kooperationsvertrag geschlossen, der den kirchlichen Betrieb sicherstellt.
Am Sonntag, 7. November 2021, wurde das 100-jährige Bestehen der Kirche mit einem Festgottesdienst von Bischof Czeslaw Kozon und einem anschließenden Empfang gefeiert.
