Potrzeba mszy katolickich zrodziła się wśród polskich pracowników buraczanych, którzy licznie przybyli na Lolland-Falster około roku 1900. Jeszcze przed rokiem 1911, od czasu do czasu w domach prywatnych lub Izbach Polskich odbywały się nabożeństwa na Zachodniej Lollandii. Około roku 1911 czterech holenderskich Franciszkanów przejęło pracę kościelną na Lolland-Falster. Dzięki cukrowni w Nakskov możliwe były comiesięczne nabożeństwa na terenie cukrowni. W lutym 1913 Franciszkanie kupili grunt od firmy Duńskie Cukrownie, a architekt Ewaldsen zaprojektował drewniany kościół, który został wybudowany i konsekrowany już 4 maja 1913 r.
W dniu 3 marca 1917 Franciszkanie zakupili willę na ulicy Bredgade, która została zaadoptowana na plebanię. W dniu 30 października 1919 Nakskov stał się niezależną parafią katolickich zgromadzeń w gminach Nakskov, Ravnsborg, Højreby i Rudbjerg.
Kościół św. Franciszka został zaprojektowany przez architekta H. C. Glahna. Kamień węgielny został złożony 22 kwietnia 1921 r., a inauguracja kościoła odbyła się 6 listopada. Dzięki cukrowni w Nakskov, która przekazała stare cegły ze zburzonego gospodarstwa oraz wysiłkowi Polaków, którzy cegły te oczyścili, udało się wybudować kościoła przy niskich nakładach pieniężnych.
Karen Juncker namalowała w 1924 obrazy do stacji drogi krzyżowej. W 1927 roku w niszy głównego wejścia do kościoła został umieszczony posąg św. Franciszka z Asyżu Został on wykonany przez rzeźbiarza Aksela Theilmanna. W 1923 roku w kościele zamontowano pierwsze organy. Był to dar od parafii w Fredericii. W 1933 roku do kościoła dobudowano salę spotkań.
Z okazji 700-lecia śmierci św. Franciszka z Asyżu w 1926 roku kościół św. Franciszka został ozdobiony freskami wykonanymi przez Birgitte West.
W kościele znajduje się ołtarz św. Maksymiliana Kolbe (1894-1941). Był to polski Franciszkanin, który w obozie koncentracyjnym Ausschwitz poszedł na śmierć zamiast współwięźnia, który miał żonę i dzieci. Został On beatyfikowany w 1982 roku, a jego święto przypada 14 sierpnia. Jego ołtarz przypomina również, że to Polacy założyli tą parafię. W 1981 roku przy kościele konsekrowana została nowa sala parafialna. Została ona zaprojektowana przez architekta Mogensa Becha z Nakskov i została nazwana "Dom Maksymiliana Kolbe".
W 2016 r. kościołowi groziło zamknięcie, ale diecezja zawarła porozumienie o współpracy ze szkołą katolicką w Nakskov (Stenoskolen), co zapewnia kontynuację działalności kościoła.
W niedzielę 7 listopada 2021 r. 100-lecie kościoła uświetniła uroczysta msza św. celebrowana przez biskupa Czesława Kozonia i późniejsze przyjęcie.
